FESCAN basa su sistema de gestión en el modelo EFQM que hace hincapié en la mejora continua de los procesos para la consecución de resultados excelentes. El mapa de procesos de FESCAN tiene tres tipos de procesos: estratégicos (despliegan las estrategias y objetivos de la entidad), esenciales (atención directa a usuarios) y de apoyo (procesos que refuerzan a los anteriores en sus necesidades).